Проблема с MSS например, когда используются туннели с меньшим MTU

Просто правим на нужный нам mss все пакеты которые хотят договориться :)

iptables -A FORWARD -o tun+ -p tcp --tcp-flags SYN,RST SYN -m tcpmss --mss 1350: -j TCPMSS --set-mss 1300